Tính từ 16h ngày 02/6 đến 16h ngày 03/6, trên Hệ thống Quốc gia quản lý ca bệnh COVID-19 ghi nhận 1.039 ca nhiễm mới, trong đó 0 ca nhập cảnh và 1.039 ca ghi nhận trong nước (giảm 49 ca so với ngày trước đó) tại 46 tỉnh, thành phố (có 770 ca trong cộng đồng).
Các tỉnh, thành phố ghi nhận ca bệnh như sau: Hà Nội (230), Yên Bái (80), Phú Thọ (56), Nghệ An (51), Vĩnh Phúc (47), Bắc Ninh (43), Lào Cai (43), Quảng Ninh (39), Hà Nam (31), Tuyên Quang (31), Đà Nẵng (30), Thái Nguyên (24), Hà Giang (24), Hải Dương (23), Quảng Bình (23), TP. Hồ Chí Minh (22), Thái Bình (19), Sơn La (18), Lâm Đồng (17), Bắc Kạn (17), Nam Định (15), Lạng Sơn (15), Hòa Bình (14), Hải Phòng (13), Hưng Yên (12), Thanh Hóa (12), Thừa Thiên Huế (11), Lai Châu (9), Bà Rịa - Vũng Tàu (8 ), Cao Bằng (8 ), Ninh Bình (7), Quảng Trị (7), Bình Định (6), Điện Biên (6), Gia Lai (5), Bình Phước (4), Bến Tre (3), Cà Mau (3), Quảng Ngãi (3), Tây Ninh (2), Bắc Giang (2), Vĩnh Long (2), An Giang (1), Hậu Giang (1), Bạc Liêu (1), Khánh Hòa (1).