Tính từ 16h ngày 05/6 đến 16h ngày 06/6, trên Hệ thống Quốc gia quản lý ca bệnh COVID-19 ghi nhận 806 ca nhiễm mới, trong đó 4 ca nhập cảnh và 802 ca ghi nhận trong nước (tăng 117 ca so với ngày trước đó) tại 45 tỉnh, thành phố (có 616 ca trong cộng đồng).
Các tỉnh, thành phố ghi nhận ca bệnh như sau: Hà Nội (204), Bắc Ninh (76), Yên Bái (64), Hải Dương (42), Vĩnh Phúc (41), Quảng Ninh (29), TP. Hồ Chí Minh (28), Phú Thọ (25), Đắk Nông (24), Thái Nguyên (21), Bắc Kạn (19), Hòa Bình (16), Sơn La (16), Lào Cai (16), Tuyên Quang (16), Thái Bình (15), Hải Phòng (14), Quảng Bình (13), Hưng Yên (11), Hà Giang (10), Đà Nẵng (10), Hà Nam (9), Thanh Hóa (7), Lạng Sơn (7), Quảng Trị (7), Cao Bằng (7), Quảng Ngãi (6), Phú Yên (6), Lâm Đồng (5), Nam Định (5), Kiên Giang (4), Nghệ An (4), Lai Châu (4), Điện Biên (3), Bắc Giang (3), Gia Lai (3), Bình Phước (2), Tây Ninh (2), Đồng Tháp (2), Khánh Hòa (1), Đồng Nai (1), Bà Rịa - Vũng Tàu (1), Bình Định (1), Bến Tre (1), Bình Thuận (1).